Para el lector de disco es mejor HORIZONTAL. Porque hay menos posibilidades de que pueda haber algún problema en el lector al estar "colgando".
Para la temperatura es mejor VERTICAL. Porque como todos sabréis (o deberíais saber), el aire caliente sube. Si la tenemos en horizontal, el aire sube y se queda en la zona alta de la consola (que en horizontal es la parte abombada donde está el nombre) y se queda ahí hasta que los ventiladores lo expulsan. En vertical, el aire caliente sube por si solo y sale por las rejillas sin problemas, lo cual significa menos trabajo para los disipadores.
Conclusión: no hay una mejor posición. Cada una tiene sus ventajas, pero, siendo realistas, prácticamente no hay diferencia. Sony lleva muchos años fabricando televisores y aparatos de todo tipo y sabe lo que hace. Si hay algún problema suele ser defecto de fabricación, nada más.