En Risen 2: Dark Waters, la Inquisición manda al héroe en busca de una solución para acabar con unas monstruosas criaturas marinas que interfieren en los negocios marítimos y que están cortando los suministros de las islas. Los piratas parecen saber el modo de librarse de estas bestias… pero son poco cooperativos.
Las nuevas características del juego aportan más diversidad a Risen 2; por ejemplo, ahora los jugadores también pueden usar armas de fuego. Y, puesto que son piratas, los aventureros podrán emplear nuevas habilidades especiales llamadas «trucos sucios», con las que confundir o atacar a los enemigos durante el combate.