To own something: poseer algo.
Owned by: Perteneciente a.
Owned, básicamente, es la manera de decir que te la han jugado, que has pasado a ser de la propiedad de alguien en sentido figurado, que se han quedado contigo.
Efectivamente empezó con el tema hacker en el sentido de que habían tomado posesión de un sitio. Poco a poco se le fué dando más usos a modo de burlas con connotaciones humillantes.
Es una de esas palabras que se han hecho famosas junto con Fail, la cual tiene hasta un blog:
http://failblog.org/
Muy, muy, muy divertida xD
Hay muchos fenomenos de internet que se han esparcido por la red como el
WTF Bomb y muchos otros que están representados en palabras o acrónimos.
También se puede encontrar el término "owned" como "pwned".