* Los gnomos de jardín (tanto su variante destruida, como la variante intacta) suelen aparecer simulando ciertas situaciones cómicas. A veces, acompañados de un osito de felpa.
* Si tienes la habilidad "Corazón de niño", le puedes preguntar a Maggie en Megatón, por algún secreto que ella conozca. Maggie te dará la combinación de la caja fuerte de Billy Creel, bajo un cono de tráfico en su casa. El código es 15-16-23-42, una referencia a los famosos números de la serie Lost.
* En la Biblioteca de Arlington, es común que dos miembros de la Hermandad de Acero entren a las zonas dominadas por saqueadores. Ocasionalmente, uno de ellos morirá por el fuego enemigo (aunque podremos salvarlo adelantándonos). Si muere, y le retiramos la armadura mientras su compañero está cerca, dirá "¿Eso es realmente necesario?".
* Las "Bombas de azúcar", un cereal de pre-guerra muy raro en el Yermo, es un guiño al cereal "Chocolate Frosted Sugar Bombs", de la tira cómica Calvin & Hobbes.
* En anteriores Fallout, Nuka-Cola es un refresco azul. En Fallout 3, recuerda más a la Coca-Cola de los años 50, y de color azul pasa a ser la Nuka Cola Quántum.
* En el refugio 87 está encerrado Fawkes, un Super Mutante inteligente y culto (algo raro en su especie). Si lo liberamos, él recogerá el GECK por nosotros. Si le preguntamos por su nombre, nos dirá que tuvo acceso a la base de datos del Refugio, y que su nombre se basa en el de un "tipo que murió por lo que él creía", en referencia a Guy Fawkes.
* Casi al final del juego, en el Proyecto Pureza, descubrimos si hablamos con James tras las conversaciones de misión que el protagonista se llama Albert (en un comentario nos dice "No debemos perder tiempo, Al"), cosa que también se descubre gracias a las capturas de pantalla aparecidas antes del lanzamiento del juego.
* En el Templo de la Unión, hallamos a Hannibal Hamlin como líder de los esclavos prófugos. Hannibal busca reconstruir el Monumento a Lincoln para ayudar a otros esclavos a huir. Una referencia bastante explícita hacia el presidente Lincoln y su lucha contra la esclavitud.
* Si le preguntamos a Abraham Washington, en Rivet City, sobre la historia de la Declaración de Independencia, nos dirá que fue firmado en el fuerte McHarry (en vez de en el fuerte McHenry) en Filadelfia (en vez de Baltimore), y que fue enviada por avión hasta Inglaterra, donde fue presentada al Rey, dando inicio a la Guerra Evolucionaria (en lugar de Guerra Revolucionaria). Sus errores son comprensibles, puesto que 200 años después de la guerra nuclear, y sin una institución para preservar la historia, debió haberse basado en documentos dañados.
* La muerte de James es un aparente guiño a los Simpson. Muere como el padre de Waylon Smithers.
* Originalmente, Fallout iba a usar el sistema GURPS, pero algunos conflictos hicieron que Interplay creara el mítico SPECIAL. En Fallout 3, una de las posibles contraseñas en el minijuego de hackeo es "GURPS".
* La contraseña de la terminal de Moira es "MB3K-OMFG". OMFG en Internet es un acrónimo de "Oh My Fuckin God".
* El nombre de la búsqueda "Dispárales a la cabeza", viene de la regla de ficción zombie, de que la mejor forma de matarlos es disparándoles en la cabeza. Lo curioso es que la búsqueda nos la dá un Ghoul, y en el juego a los Ghouls los llaman "Ghouls" o simplemente "Zombies".
* Cuando hables por primera vez con Tulip, en el Inframundo, te dará el libro El paraíso perdido.
* En la clínica de Lucy, en Little Lamplight, hay un letrero que dice "The doctor is in!" (¡El doctor está dentro!), un guiño al personaje de Peanuts, cuyo consultorio psiquiátrico siempre tiene el cartel "The doctor is in".
* La habilidad "Esqueleto de Adamántium" es un clarísimo guiño al esqueleto especial de Lobezno, de los X-Men.
* La imagen de la habilidad "Cyborg" es un guiño al clásico Terminator, con la mitad de su rostro sintético dañado, mostrando su "verdadero" rostro robótico.
* En Mothership Zeta, una de las grabaciones de prisioneros trata de aliens interrogando a un brahmán (aunque también está la posibilidad de que sea una vaca de pre-guerra), como guiño a la creencia popular de que las vacas son secuestradas por alienígenas.
* Si al final de "Dispárales a la cabeza", nos quedamos con la T-51b, cuando usemos la armadura ganaremos un punto para Carisma. Es posible que sea un guiño hacia el estatus de "ícono" que tiene la T-51b, o simplemente porque es difícil decirle "No" a una persona con una armadura tan impresionante.
* Aunque en Fallout 2, la armadura del Enclave es superior a la T-51b (posiblemente para que el Enclave en ese juego dé la impresión de "enemigo superior"), en Fallout 3, la servoarmadura "Fuego Infernal" (que podemos usar si tenemos la expansión Broken Steel) es casi igual en términos de durabilidad y resistencia con la T-51b. La diferencia es que la T-51b provee más protección contra la radiación.
* Las holocintas cumplen un papel similar a los audiodiarios de Bioshock. Además de su aspecto similar, ambas le muestran al jugador pequeños fragmentos de los eventos antes de su aparición.
* En Little Lamplight, cuando hablas por primera vez con Bumble, puedes decirle que la gente te llama "Vault Dweller". Un guiño al personaje de Fallout 1, que es reconocido oficialmente como el Vault Dweller (Morador el Refugio).
* Harold, aquel no-mutante no-necrofago de Fallout 1 y 2, reaparece en Fallout 3 en Oasis. Aparentemente, Bob (el árbol de su cabeza) ha crecido y ha "plantado" a Harold en el suelo, mientras Bob comienza a "crear" vida (un auténtico bosque verde y frondoso que contrasta con el Yermo). Esto convierte a Harold en el único personaje de toda la saga que ha conocido a los tres principales protagonistas: Vault Dweller (Fallout 1), el Elegido (Fallout 2), y el Trotamundos Solitario (Fallout 3). Albóndiga (Dogmeat) no es tenido en cuenta, porque si bien aparece en Fallout 2, es en un encuentro especial. El Albóndiga de Fallout 1 murió, según las memorias del Vault Dweller, en un accidente en la base Mariposa con un campo de fuerza. El de Fallout 3, es un descendiente del original.
* Grognak el bárbaro, una clara referencia a Conan el bárbaro.
* El arma "El Gordo" ("Fat Man") es un arma atómica cuyo nombre es un guiño a la que se detonara en Nagasaki, y por ello en Japón el nombre fue cambiado por el de "Nuka Launcher". Además, también en Japón se autocensuró la misión "Hijos del Átomo", desapareciendo de ésta la opción que nos da el Sr. Burke y por tanto, siendo imposible detonar la bomba en Megatón, pudiéndose tan sólo se puede reparar.
* La misión secundaria "El Replicante" es un claro homenaje a la película Blade Runner, y el personaje al que debemos encontrar, un guiño a Rachel, la replicante con recuerdos insertados en su memoria.
* En la expansión Operation Anchorage podemos encontrar el cuerpo de un Gary (uno de los clones del Refugio 108) tras una de las puertas que debemos de forzar.
* En Mothership Zeta hay dos guiños a dos famosas películas: la primera, a Independence Day, a la escena en la que el laboratorio científico es atacado por el alien que parecía muerto, y el compartimento se llena de humo mientras el científico jefe se aferra al cristal de protección; el segundo, al clásico y obra maestra de la ciencia ficción 2001: Una Odisea del Espacio, cuando en palabras de Elliot Tercorien, nos explica que quizá no sea un ataque de los alienígenas a la humanidad, y que sea una forma de controlar la forma de vida que "plantaron" en nuestro planeta al principio de los tiempos.
Sacado de la wikipedia no son misterios pero son curiosidades jeje