Los savegames tienen que estar en una carpeta concreta que ahora mismo no recuerdo cual es. Para saberlo lo que puedes hacer es copiarte una partida guardada al pendrive y te creará la estructura correcta (creo que era x:\PS3\SAVEDATA\<carpeta del juego> pero no estoy seguro donde x es la letra que asigna tu PC a la unidad usb)
La última carpeta creo que depende del código del juego, así que no se decirte más. Por cierto antonio_lt87 eso funciona para video audio y fotos, pero creo que para partidas guardadas no, pero no me hagas mucho caso...
Saludos y espero que esto te sirva de ayuda
Editado: Lo de crear una secuencia de carpetas se refiere a que en el PC entres en la llave USB desde Mi PC y ahí haces clic con el botón derecho > Nueva carpeta y le llamas PS3. Entras en la carpeta PS3 y repites lo mismo y le llamas SAVEDATA (o bueno, MUSIC, VIDEO, PHOTO o la que necesites). También puedes formatear la unidad USB desde la Playstation3 (creo) y tras formatearla (OJO: Perderás todos los datos) te habrá creado la estructura de carpetas necesaria. (Al menos la PSP lo hace así con la memory stick)
Nuevos saludos