El protagonista de la serie, Isaac Clarke, dará con sus huesos en Tau Volantis, un planeta gélido, tras estrellarse con su nave espacial.
Clarke creerá ser el único superviviente del accidente y finalmente se refugia en una estación abandonada, solo para descubrir que ha habido otros supervivientes, incluyendo a Ellie, a la que los aficionados recordarán de la primera entrega.
En este contexto conocerán a Jennifer y descubrirán que un grupo llamado Rosetta está realizando unas investigaciones de ingeniería inversa.
En esta entrega parece que los enemigos tendrán una "mente colectiva", aunque no se sabe cómo afectará esto a la jugabilidad, si es que tiene algún tipo de implicación en la misma.
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