Para mi, el mejor fue DOOM o DOOM2 (que era como el 1 pero con mas cosillas), eran los oque más innovaron con el tema de las 3D y todo eso... pero creo que aki, los mejores de la historia son los ultimos en salir para la mayoría de la gente xD
P.D.: Quake II también era una auténtica pasada, y además era de los primeros en tener un modo online decente, además de enemigos en 3D al igual que los escenarios, efectos de suavizado de texturas, etc...
Pero no se con cual quedarme como mejor shooter, si Doom2 o QuakeII... la cosa está dificil...
Ha habido otros grandes shooters pero que no los metería entre los mejores, como Duke Nukem 3D, Half-Life, Golden Eye64...