No necesariamente se descagan en .flv, en algunas webs de descarga de vídeos de Youtube te dan la posibilidad de descargártelo directemente en .mp4@Rfsaenso dijo:
La unica forma es descargandolos supongo, luego convertirlo a .avi/wmv u otro, ya que se descargan en formato .flv creo y los abres con el programa deseado.