Ambientado seis meses después de los eventos ocurridos en su anterior entrega, Shinobido 2: Revenge of Zen muestra la otrora pacífica región de Utaka envuelta en una sangrienta guerra civil. Los jugadores se pondrán en el papel de Zen, traicionado por sus compañeros y abandonado herido de muerte. Escapando por poco de la muerte, Zen escoge seguir el camino del ninja para encontrar a aquellos que le hicieron daño, guiado por una total furia silenciosa, y un mortal sentimiento de venganza.
La nueva jugabilidad incluye nuevas características de asesinato, que permitirán los jugadores desarrollar muertes silenciosas de manera más sencilla. Durante el juego, los jugadores utilizarán sus habilidades para ejecutar diferentes ataques y terminar con sus enemigos de una forma elegante, mientras que los controles son ahora más intuitivos gracias al uso de la pantalla táctil de PlayStation®Vita.