En Fathom controlaremos a Nathaniel Lockhart, un aventurero victoriano náufrago de los 1870s perdido en alta mar en el Caribe. Lockhart no tiene memoria de los eventos que ocurrieron durante el naufragio, pero tiene visiones de un diseño misterioso para una nave submarina llamada el Bathysphere y pesadilla recurrentes de un ataque violento al barco que canso su naufragio.
Obsesionado con la idea que solamente hay una manera de encontrar la respuesta a este misterio, Lockhart acumula sus recursos para construir su máquina y se monta en una expedición a las aguas temerosas que atormentan sus pensamientos. Lockhart debe construir y dominar su nave submarina misteriosa y finalmente tomar control de Atlantis, reparando las maquinas rotas de los Atlanteanos y resolver sus rompecabezas antiguos para descubrir el misterio.