El pequeño reino de Arls, localizado en la frontera nordeste de la República de Arland, es el lugar que la princesa Meruru llama hogar. Desde que conoció la alquimia, de mano de la famosa aventurera Totori Helmold, no ha podido pensar en otra cosa más que en convertirse en alquimista. Bajo la tutela de Totori, Meruru se pone manos a la obra: quiere usar el poder de la alquimia para potenciar el desarrollo de Arls, su reino natal.
En su aventura, Meruru se encontrará con nuevas aventuras, obstáculos, misterios y amigos, y llegará a descubrir cómo es la vida fuera de los muros del castillo. Las decisiones que tomes durante el desarrollo de su reino determinarán el final de la historia de Atelier Meruru.