Atelier Ayesha está protagonizado por una chica solitaria que un día, tras la muerte de su padre, va a una tienda a comprar hierbas y al llegar a casa descubre que su hermana pequeña Nio ha desaparecido. Poco después Ayesha verá a Nio adentrándose en unas ruinas, y es entonces cuando comenzará nuestro viaje.
Nuestro objetivo será volver a reunir a Ayesha y Nio, mientras vivimos una historia donde la tristeza será un tema recurrente, y mientras vemos crecer a Ayesha al escribir nuevas entradas en su diario. Atelier Ayesha se desarrolla en un mundo ajeno a los de la saga Arland.