Depende que Windows, depende que Linux, depende para que lo uses ..
Windows XP así a lo tonto, lleva muchos años por la calle, y en esos años, a NIVEL DE USUARIO pues siempre ha sido mejor que los Linux, que siempre tenías que tirar de Internet por si pasaba algo, que si instalo esto pero va mal y tengo que hacer noseque movida en la consola, en fin .. mucho tirar de linea de comandos, eso en un usuario normal pues como que no.
Para la programación que decir de Linux .. es el puto paraíso, puedes programar prácticamente para cualquier lenguaje, sin problemas y en entornos cómodos y vistosos.
Para servidores y tal, los SO basados en Unix se llevan la palma, en muchísimas empresas, el ordenador más alto en la jerarquía suele ser un Unix, aunque por ejemplo el Windows server 2003 es cojonudo.
La movida de ahora esque hay Linux, sobre todo los Ubuntu, que se están portando a nivel de usuario, usas poco la consola, es muy cómodo instalar cosas, crearte una estación multimedia es facilísimo .. en fin, se están poniendo las pilas en ese sentido, aunque a nivel usuario creo que sigo prefiriendo Windows ..