La historia comienza con Aono Tsukune, un chico de 15 años que asiste a la secundaria. Tsukune no obtuvo buenas calificaciones y se había resignado a repetir el año escolar. Al llegar a casa su mamá le entrega un extraño sobre. Según su padre, el sobre fue dejado por un misterioso sacerdote quien, casualmente, lo dejó caer mientras éste caminaba por la calle. De este modo Tsukune es inscrito para estudiar durante el verano en la Academia Youkai, un establecimiento distante para el cual, al parecer, sólo existe un bus escolar. De camino a la Academia el conductor del bus advierte a Tsukune que Youkai no es un lugar común. Para acceder a la Academia se debe atravesar un extraño túnel; Tsukune recibe una llamada pero la comunicación se corta en cuanto el bus atraviesa por el túnel.
Al bajar del bus, Tsukune se percata de que el lugar tiene "algo" extraño y el mar tiene un tinte de color rojo. Con una nueva advertencia del conductor, Tsukune continúa su recorrido a pie atravesando por un extraño sendero, mezcla de bosque encantado y cementerio. Aquí tiene un percance con una chica preciosa de nombre Akashiya Moka la que luego, de un rato de disculpas y presentaciones, le cuenta que en realidad ella es un vampiro. Tsukune no lo cree, pero le sigue la corriente. Sin embargo, Tsukune descubre en su primer día de clases que la Academia Yökai es un instituto... ¡para monstruos y ningún humano es bienvenido!... sin embargo la Academia se creó para enseñarle a los monstruos a convivir con los humanos, además de las 2 reglas básicas del instituto: primero, todos los estudiantes, maestros y demás personal del instituto deben permanecer en su forma humana todo el tiempo a menos que estén en peligro, y segundo, nunca deben revelar su verdadera identidad a otro estudiante; Moka no sabía esta regla cuando reveló su identidad a Tsukune.
Al principio Tsukune se asusta e intenta huir de la escuela, a lo que Moka intenta hacer lo posible por detenerlo. Finalmente, cuando estaba por irse, Tsukune siente que Moka se encuentra en peligro y va a ayudarla, y descubre la verdadera imagen de Moka transformada en vampiro. Después de mucho pensarlo Tsukune decide quedarse en esa escuela ya que ya ha hecho una amiga; así siguen las historias de Tsukune y Moka en la Academia Youkai, luchando contra enemigos, tratando de mantener en secreto la identidad humana de Tsukune. Pero luego aparecen tres chicas más, llamadas Kurono Kurumu, Sendo Yukari y Shirayuki Mizore que se enamoran de él. Tsukune tiene que enfrentarse a la Academia Youkai y a todos sus peligros.
Tsukune Aono
Es el protagonista masculino de la serie. Aono Tsukune es un ser humano promedio que por error se inscribió en la Academia de Monstruos Yökai. En el camino a la escuela tiene su primer encuentro con Akashiya Moka, un vampiro que se interesa en él debido a su soledad vivida en el mundo de los humanos y... por el dulce sabor de su sangre. Aunque no tiene poderes especiales siempre intenta proteger a sus amigos a costa de su vida; y es el único que puede quitar el rosario que lleva Moka.
Moka Akashiya
Akashiya Moka es la primera persona en hablar con Tsukune. Moka es un vampiro y aun así le toma cariño a Tsukune, y después de probar su sangre se vuelve adicta a esta. Cuando se le retira el rosario de su pecho, se libera su verdadera naturaleza; fría y orgullosa, esta Moka es una entidad completamente diferente a cuando tiene el collar (que es dulce y amable). Pero el rosario es sólo un sello protector ya que la Moka original es su identidad vampira, en su infancia el padre de Moka decide sellar sus poderes de vampiro con el rosario, para poder asistir al mundo humano, pero al estar en la academia Yökai y mientras más se transforma en la Moka-vampira el sello se debilita.
Kurumu Kurono
Kurumu Kurono es una estudiante de la Escuela Youkai, en si ella es una Súcubo, logrando así, la atracción de muchos estudiantes con sus senos exageradamente grandes, estaba celosa de la popularidad de Moka sobre los demás chicos, en especial que siempre andaba con Tsukune. Por venganza seduce a Tsukune para intentar ponerlo en contra de Moka y causar así problemas entre ellos, para lograrlo utilizó sus técnicas de monstruo, en lo cual consiste en el Encanto del Succubus en ni, ya sea por sus ojos o por su físico. Durante la batalla contra Moka, revela que su especie está casi extinta y que la única forma de sobrevivir es con un "elegido" que se hace dentro de cientos de hombres. Kurumu es vencida fácilmente por Moka y recapacita con ellos, aunque no se rendirá en lo que es obtener a Tsukune.
Yukari Sendo
Yukari Sendo es una personaje de la serie de Rosario + Vampire. Es una estudiante de la Escuela Youkai con 11 años de edad, por lo que es considerada la más pequeña al igual que la de menor edad. Es una bruja, siempre se ve con un típico traje de bruja, el cual sería la capa y el sombrero. Es la más inteligente de la Academia con el ranking de la más inteligente. Inicialmente era apartada, seria y muy solitaria a tal grado de hacer bromas a quien se burlara de ella. Después de que conoció a Akashiya Moka se enamoró de ella. Cuando fue rescatada por Tsukune en el que arriesgó su vida, también se enamora de él a tal punto de tener fantasías con los 2, lo que crea un pequeño trío amoroso.
Mizore Shirayuki
Mizore Shirayuki es una personaje del anime y manga de Rosario + Vampire. Es una estudiante de la Academia Youkai donde su ausencia es prolongada por lo que no asiste desde algún tiempo (igual en manga y anime). En si ella es una Yuki-onna (mujer de las nieves), lo que le permite facilidad en el control y manipulación del hielo, nieve y agua. Su mayor caracterisitca es que siempre pasa chupando una piruleta. Mizore era muy huraña, por lo que le cuesta confiar en los demás. Conoce a Tsukune y le toma amor, pero decide que debe ser por la fuerza y eliminar al que se interponga, en este caso Moka. Su personalidad es fría y no expresa mucho o habla.
Mizore se presenta como una chica normal a la que le atrae el perdiódico escolar, pero más que todo Tsukune, intenta apartarlo de Moka y a la vez intentar matarla. Mizore se enamora de Tsukune porque para ella, él es tan miserable como ella. Después de muchos problemas, la aceptan en el grupo y en el club del periódico.
Kokoa Shuzen
Kokoa es una personaje que hace aparición en Rosario + vampire Capu2. Es la medio hermana de Moka donde ingresa a la academia para poder eliminarla y así poder juntarse con la Moka interna a quien le tiene un cariño y afecto muy grande. Su apariencia es fácilmente reconocida por su cabello color naranja y sus medias largas.
Rubi Tōjō
Una bruja del mundo humano, Ruby trató de destruir a la humanidad para evitar que el santuario de su Maestra, un campo de girasoles, se convirtiera en un tiradero de basura. Su odio hacia los humanos proviene desde que sus padres hayan muerto debido a un accidente automovilístico. Después de haber recibido ayuda de Tsukune y sus amigos después de una batalla; y recordando el tipo de amor que sus padres le habían dado, ella decide olvidar su venganza y decide vivir en la Academia Yokai no como una estudiante oficial, no solo como una miembro del club de periodismo sino también principalmente como protectora del escudo protector que hay alrededor de toda la academia para asegurar la protección entre el mundo de los humanos por lo que Ruby de convierte en la confianza del el sacerdote ósea el director de la Academina Yokai. Su personalidad es la de una chica tsundere.
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