El bicho del final es tu novia, no hay duda de ello. ¿Quién te abría las puertas y a quién veías en los monitores?. Pues o bien eran alucinaciones creadas por el obelisco que llevas en la nave o bien las almas atrapadas de los tripulantes. Yo me inclino más por lo de las alucinaciones ya que hay un punto en el juego que hablas con la tia que te acompaña en la misión que dice "ma ha parecido ver a mi hermano", cuando familiares, o gente con lazos sentimentales, entre el Ishimura y el Kelion sólo son Isaac y la novia, que creo que se llamaba Nicole.
La duda que me queda es por qué aparece el monstruo en la escena final si, supuestamente, acabando con la gnosis colectiva se terminaba la pesadilla.