Yo creo que ya no necesitas a Hale, el doctor ya convierte gente normal en semi-quimeras como Hale, de hecho todo el equipo que va con Hale lo son, por eso necesitan inhividores. En la tercera parte se pueden inventar que alguien respondio mejor que los otros y blabla, por que de todas formas si Hale sobrevivio ahora tiene la conciencia de Deadalus dentro de si y por eso es malo. En realidad Hale no llego a transformarse en Quimera del todo (por eso no cambio físicamente, dejando aparte que como dice el doctor "con este no sucedio todo igual que con los demas") si no que al tocar a Deadalus adquirio un nuevo tipo de conciencia. Si miras los documentos en uno de los escritos por el doctor pone algo asi como "ambos estan condenador a luchar entre si, pero gane quien gane me parece que la raza humana esta condenada" que parece presagiar lo que ya ocurriria.
A mi me parece que la historia del 2 esta muchisimo más currada que la del 1, que basicamente es "ve y mata al malo" lo que si tengo que decir que el 2 es muchisimo más facil que el primero, y se echan en falta algunas armas. Dejando al lado tambien lo del modo cooperativo con la historia principal.
PD: No veo necesario poner las cosas en spoler si el propio titulo del post lo avisa ~_^