La historia principal de Assassin's Creed se ubica en un futuro próximo, septiembre de 2012 d.C. Desmond Miles, un barman y ex asesino, es secuestrado por desconocidos y es llevado a las instalaciones de Industrias Abstergo (una empresa farmacéutica cuya especialidad son los antidepresivos), donde investigadores trabajan en un proyecto con una máquina llamada "Animus".
El "Animus" es capaz de extraer recuerdos del ADN del usuario, pasadas de descendiente a descendiente, permitiendo al usuario revivir estos recuerdos como si fuera él mismo. Desmond fue "elegido" para el proyecto debido a su relación con su ancestro Altaïr Ibn La-Ahad (الطائر el nombre significa en árabe "El que vuela" y el apellido "Hijo de nadie"), un miembro de los Hashsha-shin durante la Tercera Cruzada en Tierra Santa. Los investigadores, el Dr. Warren Vidic y su asistente Lucy Stillman, muestran interés en algo que hizo su antepasado.
Poco a poco se desvela el verdadero interés de los integrantes de esta compañía, y Desmond descubre, leyendo correos en los ordenadores de Abstergo o hablando con Lucy, que en realidad ni los Templarios ni los Hashsha-shin han dejado de existir, y que está en medio de una determinante conspiración en los albores del fin del mundo.
Esto por la parte de Desmond y por la parte de Altair, es degradado por romper las reglas de los Hashsha-shin y has de hacer 9 asesinatos, entre ellos, el de Roberto de Sable. Cuando por fin consigue el objeto preciado, es traicinado por el lider Al-Maulim, que también termina asesinado.
Pero vamos, que la wikipedia existe:
http://es.wikipedia.org/wiki/Assassin's_Creed
