Para crear ondas de agua sobre una imagen, existe un filtro genérico de Photoshop que precisamente se llama Ondas, y otro llamado ondas marinas. Están en el menu de filtro/distorsionar. ¿De verdad has mirado? A lo mejor tu Photoshop tiene algún problema de instalación (ya me entiendes).
Además, existe un filtro que genera nubes... también es genérico y viene en todos los Photoshop. Se llama, te vas a reir, nubes. En serio, fíjate bien porque creo que no has prestado atención al menú filtro de Photoshop. Las nubes las encuentras en filtro/interpretar.
Espero que te sirva de ayuda, un saludo.