Bueno esta comparación no tiene ningún sentido, se tiende a comparar a MGS4 con shooters totalmente carentes de profundidad y no sé la razón la verdad... Te puede gustar mucho COD3, pero no es más que un juego de disparos bélico. MGS es un juego de espionaje, de infiltración, de táctica, de sentido común, con argumento, etc. No es un mata mata sin ton ni son.
Son incomparables, y por muy bien que esté el COD3 (que por cierto me parece una simple expansión del 2), elijo sin duda a MGS4. Eligiría cualquier MGS antes que un simple shooter, y eso que me encantan. Saludos