Young Justice: Legacy está basado en la serie de Cartoon Network de mismo nombre, tomando como referencia las temporadas 1 y 2 de la serie. En ellas, las versiones jóvenes de héroes como Nightwing, Robin, Batgirl, o Superboy, se enfrentarán a a villanos de la talla de Bane, Lex Luthor o Riddler, para liberar a la arqueóloga Dr. Helena Sandsmark, y de paso, salvar el mundo.
En total encontraremos 12 héroes y 12 villanos a lo largo de 15 misiones con modo multijugador tanto local como offline, y modos cooperativos.