En Muramasa Rebirth podremos disfrutar de dos historias. En una de ellas jugaremos como Momohime, una princesa poseída por un espíritu maligno que emprende un viaje hacia el oeste donde luchará contra demonios y otras criaturas. En la segunda historia encarnaremos a Kisuke, un ninja que ha perdido la memoria y se aventura hacia el este en busca de las Demon Blades.