1984, tras la caída de Militaires Sans Frontieres, Big Boss, el mítico héroe que evitó el inicio de la tercera guerra mundial despierta tras nueve largos años en coma para descubrir que todo lo que tenía ha sido borrado de la faz de la tierra por Cipher. Tocado pero no hundido, el ímpetu del mejor soldado del mundo le llevará hasta Afganistán, una región en continuo conflicto que esconde en su seno la oportunidad de resucitar el ideal del paraíso de los soldados.