Imagino que no los borrará.
No creo que cambie las estructuras de carpetas del sistema.
La maneras que se podrían borrar es que hiciera un formateo del HD o que borrara directamente esos datos de los savegames.
Eso no tiene ningún sentido.
Piensa que cuando saquen la version 5.2 tienes 50 savegames...
Entonces si que te suicidas.
Te recomiendo que los copies a un dispositivo USB lo que te interesa por si acaso y actualices, así si se te borran los puedes volver a poner.
Un saludo.