El juego comienza 6 años después de lo ocurrido en Snake Eater, con Big Boss encerrado, derrotado, capturado por causas desconocidas por quienes antes eran su unidad, FOX. Éstos no quieren otra cosa que obtener la parte del Legado, la gran suma de dinero que Volgin posee en el Metal Gear Solid 3: Snake Eater, que no consiguió la CIA y que piensan que está en manos de Big Boss. Éste no tiene el dinero y harto de que le torturen para obtener una información que él no posee, escapa de su celda, eso sí, con la ayuda de un viejo conocido, un joven Campbell que en este juego es un Boina Verde destinado en la Península de San Hieronymo o "Península de los Muertos" en Sudamérica, lugar donde se desarrolla la acción. Después de escapar Snake deberá ponerse en contacto con sus amigos y descubrir que hay detrás de todo esto, por qué la unidad FOX ha desertado, quién los dirige y qué es lo que quieren de él.
La trama se desarrolla entre los hechos ocurridos en el Metal Gear Solid 3: Snake Eater para PS2 y el Metal Gear de MSX. A lo largo de la historia nos cruzaremos con viejos conocidos, nuevos enemigos y alguna que otra aparición sorprendente.
es decir nuestro amigo naked snake vuelve a la carga y acaba cn la unidad FOX y crea la unidad FOXHOUND siendo el lider de esta