El juego toma lugar en el año 1960, en una enorme metrópolis con estilo Art Deco enterrada bajo el agua llamada Rapture, construida en el fondo del mar Atlántico. Creada en el año 1946 por Andrew Ryan, Rapture fue diseñada para auto abastecerse, con electricidad, producción alimenticia, purificación de agua y poderosos sistemas de defensa alimentador por grietas volcánicas bajo el agua.
En algún momento la civilización de Rapture aumentó indiscriminadamente, llegando al pico de miles de personas en los años 50, a quienes Ryan llamaba como "los mejores ejemplos de la humanidad". Fue así que se formó una sociedad con diferencias económicas, diferentes niveles, productos de diferente calidad, etc.
Una joven científica llamada Bridgette Tenenbaum descubre una especie de babosa marina que segregan celúlas madres puras. Estas células pueden ser usadas para "evolucionar" el cuerpo humano, mejorando así las habilidades físicas o mentales, curando enfermedades y heridas, etc. Esta científica se vio necesitada de apoyo económico para solventar sus investigaciones, y siendo rechazada por los laboratorios más respetables decide caer en Frank Fontaine, líder de una banda de contrabandistas del Puerto Neptuno...
El juego comienza entonces en 1960, asumimos el rol de Jack, un pasajero que se encuentra viajando tranquilamente en avión. Lástima que la tranquilidad dura poco, ya que el avión en donde estamos estrella en el medio del Océano Atlántico.
Es ahí que tomamos el control del personaje, y lo único que vemos, además de los restos del avión, es un gran faro. Al entrar al faro, bajamos unas escaleras y nos encontramos con una batisfera, que, al entrar, nos sumerge bajo el agua mientras y nos aparece una pantalla que nos muestra un video de un tal Andrew Ryan que nos cuenta lo disconforme que está con la sociedad, y por eso decidió crear una ciudad utópica (aunque termina siendo distópica) para el crecimiento de la humanidad. La pantalla desaparece y vemos por primera vez a Rapture, o mejor dicho, lo que queda de ella...
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Mejor explicao, no se donde esta XD