Es normal que te haga los tres pitido, y, lo hace cuando la PS3 está ocupada, es decir, cuando carga datos, los procesa, estas enviando un mensaje, navegador.. Además es lógico, tarda más en apagar porque está "ocupado" haciendo un progreso.
Idéntico que el PC... Cuando estais en el escritorio que solo habeis estado jugando al solitario y le dais a apagar, a que no tarda nada? Prueba a tener un juego puesto, el navegador, esto, lo otro, pues tarda más... La PS3 exactamente igual, tarda más cuando está en mitad de un proceso, ya sea cargando datos, leyendo, procesando informacion, navegar, etc...
Prueba a quitarla en el XMB sin hacer nada un rato, verás como nunca hace lo de los tres pitidos.
Espero haberte ayudado, y no te preocupes.
Saludos,